De er udgangspunktet for borgerkrigen Grevens Fejde i 1530'erne, hvor de københavnske borgere har en central placering. Efter borgerkrigen bliver det dansk-norske rige lutheransk, og det får konsekvenser for udviklingen af samfundet.
Fra Højbro Plads går turen til Bremerholmen, hvor flådens værft blev bygget. Dernæst forbi Kong Hans' Vingård i Vingårdstræde. Vi går til Nikolaj Kirke, der var reformationens centrum i København. Vandringen går over Amagertorv, fiske- og grønttorvet, til Helligåndshuset, en del af Helligåndsklostret. Dernæst til Gråbrødre torv, hvor byens største kloster lå. Herfra fortsætter vi til Gammeltorv og videre ad Nørregade til Frue Plads med universitetsområdet, hvor den gamle bispegård lå. Dernæst forbi Skt. Peders Kirke, byens ældste. Turen slutter på Jarmers Plads ved Jarmers Tårn, en rest af fæstningen fra 1520'erne